Di masa depan, manusia meninggalkan Bumi yang hancur dan melakukan perjalanan ke luar angkasa. Namun, karena fenomena yang tidak diketahui yang mencegah mereka melakukan perjalanan ke luar angkasa, umat manusia kembali ke Bumi hanya untuk menemukannya tidak ramah kecuali Jepang.
Untuk mengakomodasi seluruh populasi manusia, dimensi saku dibuat di seluruh Jepang untuk dihuni di masyarakat. Untuk menemukan cara kembali ke angkasa luar, manusia mulai menghidupkan kembali sejarah manusia menurut Kitab Suci Perjanjian. Tetapi pada tahun 1413 dari Era Perjanjian, negara-negara dari dimensi saku menyerang dan menaklukkan Jepang, membagi wilayah itu menjadi wilayah feodal dan memaksa penduduk asli Jepang untuk pergi.
Sekarang adalah tahun 1648 dari Era Perjanjian, para pengungsi Jepang sekarang tinggal di kapal kota Musashi, di mana ia terus-menerus berkeliling Jepang sambil diawasi oleh Persatuan Perjanjian, otoritas yang menjalankan peragaan kembali sejarah. Namun, rumor tentang kiamat dan perang mulai menyebar ketika Perjanjian berhenti mengungkapkan apa yang terjadi selanjutnya setelah 1648.
Mengambil keuntungan dari situasi ini, Toori Aoi, kepala Akademi Tertinggi Musashi Ariadust Academy dan Presiden dewan siswa, memimpin teman-teman sekelasnya untuk menggunakan kesempatan ini untuk mendapatkan kembali tanah air mereka.